O filme narra a história de Rei Arthur sob a perspectiva de Morgana, uma sacerdotisa da lendária ilha de Avalon, onde nasceu a religião da Deusa mãe. Os saxões varriam a Bretanha matando igualmente cristãos e seguidores da Deusa mãe. Se um
grande líder não unisse cristãos e pagãos, a região estaria condenada ao
barbarismo e Avalon ao desaparecimento. Gorlois , o pai de Morgana, lutava
incansavelmente contra as hordas de saxões. Nesta época Morgana era apenas uma
criança, que vivia na Cornuália com Igraine, sua mãe, que era ainda uma
seguidora da antiga religião
e praticava secretamente a antiga magia. Morgause
, a irmã de Igrane, também lá morava e apreciava o poder de Avalon. Viviane (Anjelica Huston), tia de Morgana e
grã-sacerdotisa de Avalon, passa a visar apenas salvação de Avalon dos saxões.
Depois de ter uma visão que o rei morreria em 6 meses, sem deixar herdeiros,
Viviane comunica a Igrane que ela irá gerar este líder, mas não com Gorlois,
seu marido, e sim com um homem que usa o símbolo do dragão e um seguidor da Deusa.
A idéia desagrada Igrane, sendo que Morgause diz que não tem marido a quem
trair e também tem o sangue de Avalon, assim quer fazer este homem se apaixonar
por ela e gerar esta criança. Viviane se opõe, dizendo que ninguém pode viver o
destino de outro e fala para Morgause que ela tem um rei e filhos no seu
futuro, mas não dá explicações. Viviane planeja salvar Avalon através da unção e treinamento de sua sobrinha,
Morgana, como sua sucessora, manipulando a linhagem real para gerar Arthur, um rei que abraçará tanto as crenças pagãs quanto o cristianismo. Desta forma Avalon seria
salva, pois a ilha é o centro pagão do poder e um mundo místico invisível para
aqueles que não crêem. Porém, conforme o cristianismo avança pela Inglaterra e mais pessoas se afastam da
Deusa, esse reino misterioso se torna difícil de alcançar até mesmo para os que
têm fé, com a ambiciosa Morgause se empenhando em frustrar seus planos. Viviane
tem um temperamento determinado e boas intenções, mas comete um erro que
atingirá Morgana pessoalmente e afetará toda a Bretanha.